L'eau d'une piscine naturelle est exempte de toutes substances nocives en raison du système très efficace de filtration naturelle. Les piscines naturelles ont été soumises aux essais les plus rigoureux par les autorités européennes et les résultats atteignent toutes les conditions en termes de santé et de clarté de l'eau.
Le chlore est un gaz toxique utilisé pour épurer l'eau et il est ajouté à la plupart des approvisionnements en eau potable ainsi que pour les piscines conventionnelles (privées et publiques). Il peut nuire à la faune, aux plantes et aux gens. Heureusement, le chlore retourne facilement à son état naturel gazeux et est séparé de l'eau en la pulvérisant ou simplement en la laissant reposer calmement pour plusieurs jours.
En revanche, de nombreuses études scientifiques rapportent que l'eau chlorée qui est utilisée généralement dans les piscines, est irritant pour la peau et peut être lié aux éruptions telles que l'eczéma et un certain nombre de maladies plus sérieuses. Les maladies comme le cancer, les problèmes de coeur et une sénilité prématurée ont été contribués par l'eau chlorée. Un autre point négatif à considérer est le coût annuel pour les piscines conventionnelles. Vu les effets nuisibles du chlore, l'alternative d'avoir une piscine naturelle semble essentielle pour mener une vie saine.
L'eau chlorée contient des composés de produit chimique appelés trihalométhanes, qui sont cancérigènes qui résultent de la combinaison du chlore avec les composés organiques de l'eau. Ces produits chimiques, également connus sous le nom de les organochlorures, ne se dégradent généralement pas très bien et sont généralement stockés dans les tissus gras du corps (sein, autre secteurs gras, lait de la mère, sang et sperme). Les organochlorures peuvent causer des mutations en changeant l'ADN, suppriment la fonction immunitire, et interfèrent les processus naturels de la croissance des cellules.
Le chlore aggrave l'asthme, particulièrement chez les enfants qui utilisent fréquemment les piscines chlorées. Plusieurs études lient également le chlore et les sous-produits chlorés à un plus grand incidence sur la vésicule biliaire, le cancer du sein et le mélanome malin.